作為全省農(nóng)業(yè)和林業(yè)專門研究機(jī)構(gòu)，青海省農(nóng)林科學(xué)院開展選育高產(chǎn)優(yōu)質(zhì)農(nóng)作物和林木新品種、農(nóng)林業(yè)應(yīng)用技術(shù)、生物技術(shù)、植物保護(hù)、土壤肥料、早作農(nóng)業(yè)、野生植物開發(fā)利用、生態(tài)保護(hù)等方面的研究，服務(wù)我省農(nóng)林業(yè)生產(chǎn)。自本院實施“十二五”規(guī)劃以來，根據(jù)西部大開發(fā)和我省農(nóng)林業(yè)生產(chǎn)的需求，我院緊緊圍繞高原現(xiàn)代農(nóng)業(yè)建設(shè)和特色產(chǎn)業(yè)需求，進(jìn)一步整合分散資源，優(yōu)化資源配置，積極調(diào)整學(xué)科結(jié)構(gòu)。建成了作物學(xué)博士學(xué)位點1個，作物遺傳育種和作物栽培與耕作學(xué)碩士學(xué)位點2個。基本形成了面向高原現(xiàn)代農(nóng)業(yè)，區(qū)域特色鮮明，學(xué)科類別豐富，以任務(wù)帶學(xué)科的新型學(xué)科體系，逐步形成了我院的優(yōu)勢學(xué)科和重點發(fā)展學(xué)科、重點培育學(xué)科。今后將繼續(xù)加強(qiáng)春油菜、馬鈴薯、麥類、豆類、玉米、蔬菜、林木等七大類農(nóng)林作物遺傳育種優(yōu)勢學(xué)科建設(shè)；繼續(xù)優(yōu)化植物保護(hù)、農(nóng)業(yè)資源環(huán)境為主的傳統(tǒng)基礎(chǔ)學(xué)科建設(shè)；積極培育農(nóng)產(chǎn)品加工、水肥一體化、農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全控制、枸杞育種栽培、農(nóng)林業(yè)生態(tài)保護(hù)等新興學(xué)科建設(shè)；不斷提升分子遺傳育種技術(shù)研發(fā)與應(yīng)用等技術(shù)手段。

　　優(yōu)勢學(xué)科

　　1、農(nóng)作物遺傳育種：農(nóng)作物遺傳育種學(xué)科開展了青海省春油菜育種、春小麥育種、青稞育種、蠶（碗）豆育種、玉米育種及馬鈴薯育種等六大農(nóng)作物和蔬菜育種與栽培技術(shù)等七個方向的遺傳育種研究。

　　春油菜育種：是我省重點優(yōu)勢學(xué)科，近十年陸續(xù)培育出了油菜雜交種十多個、油白菜雜交種3個。青雜1號、青雜2號、青雜3號和青雜5號先后是青海、甘肅、新疆和內(nèi)蒙等春油菜區(qū)的主栽品種和國家春油菜區(qū)域試驗的對照品種。我院油菜所培育的春油菜品種青雜7號再次被農(nóng)業(yè)部遴選為2016年全國油菜主導(dǎo)品種。該品種已連續(xù)四年被農(nóng)業(yè)部遴選為全國油菜主導(dǎo)品種，也是整個春油菜區(qū)（青海、甘肅、新疆、內(nèi)蒙等省區(qū)）唯一入選的油菜品種。

　　春小麥育種：采取常規(guī)雜交育種，應(yīng)用太谷核不育基因、遠(yuǎn)源雜交、外源DNA導(dǎo)入和加代等技術(shù)，共育成小麥品種12個，其中“青春38”質(zhì)量達(dá)到了“國家中筋小麥標(biāo)準(zhǔn)”，是集歐洲、南美育種質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)為標(biāo)準(zhǔn)培育出來的小麥新品種，已成為本省農(nóng)民最喜愛的春小麥品種。

　　青稞育種：主要是采取常規(guī)雜交育種，先后培育出了青莜1號、2號、昆侖10號、昆侖164，昆侖12號、昆侖13號、昆侖14號、昆侖15號等新品種。目前青稞育種目標(biāo)重點趨向于早熟、優(yōu)質(zhì)、豐產(chǎn)和多抗等方面的研究，重點突出高蛋白質(zhì)、脂肪、纖維、淀粉和β-葡聚糖等品質(zhì)方面的新品種選育。

　　豆類（蠶豆、豌豆）：是我省的優(yōu)勢農(nóng)作物和傳統(tǒng)的出口農(nóng)產(chǎn)品，在保持其“名、特、優(yōu)”的基礎(chǔ)上開展遺傳育種研究，主要包括品種資源遺傳研究、專用品種選育及其配套高效栽培技術(shù)研究等，共培育蠶豌豆品種12個。

　　馬鈴薯育種：我省馬鈴薯育種趨向于專用化、特色化。近年來，根據(jù)我省的氣候優(yōu)勢，培育了一系列馬鈴薯新品種，包括青薯系列2-10號，青薯168，高原系列1-8號，其中青薯2號為高淀粉品種（25.83%）， 2004年獲國家科技進(jìn)步二等獎；青薯9號為高抗旱品種，08年創(chuàng)青海旱地馬鈴薯最高產(chǎn)（4548.4kg）。

　　玉米育種：進(jìn)行玉米的選育和示范推廣，2015年12月28日，我院作物所引進(jìn)的青貯玉米品種“紀(jì)元8號”通過青海省第八屆農(nóng)作物品種審定委員會第五次會議審定。該品種是我院通過審定的第一個玉米品種，也是青海省通過審定的第一個青貯玉米品種。

　　蔬菜新品種選育：通過蔬菜新品種選育，發(fā)展無公害蔬菜，制定技術(shù)規(guī)范等，促進(jìn)我省農(nóng)業(yè)結(jié)構(gòu)調(diào)整，并育成了線辣椒品種“青線椒1、2號”、2號甜椒、青椒3、4號，雜交甘藍(lán)品種“青甘1號”，菊芋新品種“青芋1、2、3、4號”等，高原油白菜1、3、4號等。

　　2、生物技術(shù)：在植物組織培養(yǎng)、馬鈴薯脫毒、病毒檢測方面做了大量研究，建立并完善了馬鈴薯脫毒體系，為青海馬鈴薯脫毒種薯產(chǎn)業(yè)發(fā)展奠定了堅實的基礎(chǔ)，使我省在馬鈴薯種質(zhì)資源研究及脫毒種薯生產(chǎn)技術(shù)達(dá)到國內(nèi)領(lǐng)先水平。

　　重點發(fā)展學(xué)科

　　1、土壤肥料方向：在土壤肥料研究方面開展了包括土地資源環(huán)境監(jiān)測、肥料施用技術(shù)、農(nóng)業(yè)微生物利用、測土配方施肥以及專用肥的開發(fā)等。針對不同地區(qū)、不同土壤類型、不同作物開發(fā)的專用復(fù)混肥，應(yīng)用較廣的有油菜、小麥、馬鈴薯、蔬菜等專用肥。

　　2、野生植物資源開發(fā)方向：針對青海高原的特色野生植物資源，開展了蕁麻、羅布麻等野生植物有效成分提取和功能成分分離以及食用菌資源的開發(fā)，目前，食用菌的研究已初具規(guī)模。

　　3、植物保護(hù)方向：立足青海實際，緊密結(jié)合省情，主要在植物病害、農(nóng)業(yè)昆蟲、農(nóng)田雜草防除及病蟲草綜合防治方面開展了大量研究，在農(nóng)田雜草、辣椒疫病、小麥條銹病等方面取得了顯著成績，并研制開發(fā)了一系列生物農(nóng)藥及除草劑等。

　　4、林木育種及生態(tài)保護(hù)研究方向：立足于青海高原生態(tài)治理和經(jīng)濟(jì)建設(shè)需要,以開展林木育種、森林培育、生態(tài)環(huán)境保護(hù)、森林經(jīng)營、荒漠化治理、森林資源開發(fā)利用、城市綠化為主要研究方向，取得了一系列研究成果，為青海地區(qū)的生態(tài)建設(shè)和經(jīng)濟(jì)發(fā)展作出了突出貢獻(xiàn)。先后選育出了林木新品種3個，枸杞新品種2個。

　　重點培育學(xué)科

　　依靠青海農(nóng)林科學(xué)院的科研實力，加強(qiáng)與農(nóng)產(chǎn)品生產(chǎn)與加工企業(yè)合作，實現(xiàn)農(nóng)產(chǎn)品加工原料的區(qū)域化、標(biāo)準(zhǔn)化，農(nóng)產(chǎn)品深加工產(chǎn)品的規(guī)模化、品牌化、安全化生產(chǎn)。以春小麥、青稞、油菜、馬鈴薯、蠶碗豆等優(yōu)勢農(nóng)產(chǎn)品資源為主要研究對象，開展精深產(chǎn)品加工技術(shù)、品質(zhì)評價、綜合利用、特效成分提取等方面的研究。創(chuàng)建一個以開發(fā)高附加值產(chǎn)品為目標(biāo)，以農(nóng)產(chǎn)品精深加工過程為技術(shù)載體的理論研究與技術(shù)開發(fā)平臺。從而促進(jìn)我省的食品科學(xué)研究水平提高，促進(jìn)我省農(nóng)產(chǎn)品、食品加工業(yè)的發(fā)展和水平提升。